Este EVA fue construido en los EEUU. Luego del accidente con el EVA-04 durante la prueba de instalación del motor S^2 (episodio 17), la administración de ese país insiste para que la rama japonesa de NERV se encargue del EVA. El EVA fue transportado por aire hasta Japón, pero el 13er Angel se coló dentro del EVA oculto en una nube.

La prueba de activación fue llevada a cabo en Matsushiro (cerca de Tokyo-2), y Ritsuko afirmaba lo peligroso de activarlo con un dummy plug, por eso se seleccionó a un Fourth Children, que resultó ser Suzuhara Touji.

Al comenzar la sincronización el Angel se revela, toma control del Eva, y destruye las instalaciones de prueba en Matsushiro. Luego se dirige a Tokyo-3.

En el camino fue interceptado por los EVA-00, EVA-01 y EVA-02. El Angel en posesión del EVA-03 venció a los EVA-00 y EVA-02. Con el EVA-00 intentó fundirse, pero su intento fue frustrado cuando desde el Centro de Comando de NERV le cortaron el brazo remotamente. Luego de vencer al EVA-02 luchó contra el EVA-01.

Intentaron eyectar al entry plug del EVA-03, pero una sustancia parecida a un hongo bloqueó el escape de la cápsula. Otros cambios generó la presencia del Angel en el EVA-03, como que sus brazos crecieran de forma desproporcionada.

El piloto del EVA-01 se negaba a combatir al EVA-03, por eso fue reemplazado por el control del dummy system. Con este nuevo comando, el EVA-03 fue destruido.